Il est aussi titulaire d’un premier prix de tuba au CNR de Dijon. Il fut tuba-solo à l’orchestre du conservatoire et du théâtre de Dijon.
Actuellement il enseigne au conservatoire de Dijon et dirige l’Ecole de Musique du Canton d’Auxonne.
Il fut chargé de cours à l’université de musicologie de Dijon durant plusieurs années et fut, pendant 9 ans, président de la Fédération des Orgues de Côte d’Or, période au cours de laquelle bon nombre d’instruments ont été sauvés et restaurés.
Mais c’est à l’orgue et au clavecin que Yves Cuenot consacrera toute sa carrière de musicien.
Il est actuellement organiste co-titulaire du grand-orgue de la Cathédrale de Dijon et titulaire de l’orgue historique Callinet d’Auxonne.
Il est sollicité pour des master-classes à l’orgue et au clavecin en France, Allemagne, Russie, Estonie, Canada.
Outre son attirance pour la musique baroque, Yves Cuenot inscrit volontiers à son répertoire des œuvres de la musique d’aujourd’hui. Il fut le premier interprète de la Suite pour Rameau de Jean Guillou et a créé, avec lui, la Missa Interrupta pour l’inauguration du grand-orgue de la Cathédrale de Dijon.
De plus, il compose pour divers instruments et pour la voix.